紅果枸杞即我國中藥中的枸杞子，可滋補肝腎、益精明目，為我國藥典收錄，并作為常用藥用于臨床治療疾病。傳統中醫藥理論的藥用枸杞均為紅色枸杞，藥典未收錄黑枸杞。黑枸杞屬于我國傳統民族醫藥，被收載于《晶珠本草》《四部醫典》等藏藥著作中，用于治療心熱病、心臟病、月經不調、停經等。
目前，黑枸杞較紅枸杞較為突出的即為其含有較多的花青素，但自然界很多植物的花青素含量都很高，比如藍莓、紫薯、桑葚、紫甘藍、茄子皮等。
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